B.K.S. Iyengar rakensi länsimaalaisten oppilaiden, opettajien ja koulutuslaitoisten tarpeisiin vertaansa vailla olevan iyengarjooganopettajakoulutus- ja sertifiointijärjestelmän jo 1960-luvulla. Vuosikymmenten saatossa sertifiointijärjestelmä on hioutunut ohjaamaan iyengarjooganopettajien opiskelua ja kehitystä joogan harjoittajina ja opettajina. Se on kansainvälisesti katsottuna järjestäytynein, valvotuin, kokonaisuutena yhdenmukaisin ja vaativin jooganopettajien osaamista ja opettamisen laatua valvova järjestelmä.
Iyengarjooganopettajakoulutuksen ensimmäinen perustaso, niin kutsuttu introductory-taso, sisältää yhteensä noin tuhat tuntia oman āsana- ja prānāyāma-harjoituksen syventämistä: joogafilosofian, anatomian ja fysiologian opiskelua sekä joogan opettamisen harjoittelua ja iyengarjoogan opettamisen pedagogiikan perusteita. Koulutukseen osallistumisen edellytyksenä on kolmen vuoden iyengarjoogan harjoitustausta ja päivittäinen oma harjoitus. Introductory-tason opettaja saa opettaa perusterveitä oppilaita, joilla saattaa olla tavanomaisia, ei-riskialttiita vaivoja (esim. alaselkä-, niska-hartia-, tai polvivaivoja) sekä raskaana olevia oppilaita, jotka ovat entuudestaan harjoittaneet iyengarjoogaa.
Jokainen tasokoe sisältää näyttökokeen omasta āsana- ja prānāyāma-harjoituksesta sekä niiden opettamisesta. Näiden lisäksi tasokokeisiin kuuluu kirjallisia tehtäviä joogafilosofiasta, anatomiasta, fysiologiasta, iyengarjoogan pedagogiikasta ja iyengarjoogaterapiasta. Perustason suorittamisen jälkeen syvennytään erityisesti iyengarjoogaterapiaan ja laajennetaan ymmärrystä aiemmin opitusta. Sertifioidut iyengarjooganopettajat saavat opettaa suorittamansa tasokokeen vaatimuksia vastaavia tekniikoita ja oppilasryhmiä.
Seuraaville tasoille (junior intermediate 1, 2 ja 3; senior intermediate 1, 2 ja 3; junior advanced 1, 2 ja 3; senior advanced 1 ja 2) opiskeltaessa ja kokemuksen syventyessä opetettavien kohderyhmä ja opettamisvaltuudet laajenevat ja syvenevät. Esimerkiksi junior intermediate 1 -tason opettaja saa opettaa raskaana oleville suunnattuja kursseja, junior intermediate 2 -tason opettaja voi opettaa yksityistunteja ja senior intermediate 1 -tason opettaja iyengarjoogaterapiatunteja ja erityistyöpajoja. Opettajien kouluttajaksi opiskelu kestää 2–3 vuotta ja se edellyttää junior intermediate 3 -tutkintoa sekä näyttökoevalvojan pätevyyttä.
Suomen iyengarjoogayhdistys hallinnoi ja valvoo yksinoikeutetusti iyengarjoogan opettajakoulutusta sekä valtuuttaa hyväksymänsä tahot järjestämään iyengarjoogan opettajakoulutusta Suomessa. Yhdistys vastaa myös opettajien tasokokeiden järjestämisestä ja sertifioinnista Suomessa. Iyengarjooganopettajaksi voi valmistua vain läpäisemällä yhdistyksen järjestämän tasokokeen. Vain yhdistyksen hyväksymät koulutusohjelmat vastaavat iyengarjoogan opettajakoulutukselle asetettuja suosituksia ja vaatimuksia. Yhdistys ylläpitää kansallista rekisteriä sertifioiduista iyengarjooganopettajista sekä hyväksytyistä opettajakouluttajista ja tasokoearvioijista.
Kaikki Suomessa asuvat sertifioidut opettajat ovat käyneet 3–4 vuotta kestäneen iyengarjoogan opettajakoulutuksen. Tällä hetkellä Suomessa ei ole käynnissä iyengarjoogan opettajakoulutusta. Suomessa pyritään aloittamaan seuraava iyengarjooganopettajakoulutus lähivuosina.